在《文明6》这款游戏中，秦始皇作为一位具有深远历史影响的领袖，其加入哪个神秘结社确实可能引发玩家的热议，需要注意的是，游戏的具体内容和设定可能会版本更新而有所变化，就目前已知的信息和游戏的常规设定来看，秦始皇在《文明6》中并不直接“加入”某个具体的神秘结社，而是作为独立的文明领袖存在。

在游戏中，秦始皇代表的是中国古代秦朝文明，他拥有独特的单位、建筑、科技树以及游戏策略，这些元素共同构成了秦始皇在游戏中的独特玩法和体验，玩家可以选择秦始皇作为领袖，通过发展经济、建设城市、组建军队等方式来扩张势力，并最终实现征服世界或达成其他游戏目标。

至于游戏中的“结社”系统，它通常是一个允许玩家之间形成联盟、共享资源、共同对抗敌人的机制，不同的结社可能拥有不同的规则和优势，玩家可以根据自己的游戏策略和喜好来选择加入哪个结社，秦始皇作为游戏中的独立文明领袖，并不直接“加入”这些结社，而是可以与其他文明领袖进行外交互动、贸易往来或战争冲突。

对于“秦始皇将加入哪个神秘结社”的问题，从游戏设定的角度来看，并没有一个确定的答案，玩家可以根据自己的游戏体验和喜好来想象或推测秦始皇可能与其他文明领袖形成的联盟或关系，但这并不构成游戏官方的设定或内容。

秦始皇在《文明6》中是一个备受关注的领袖角色，他独特的玩法和体验为游戏增添了更多的乐趣和挑战，而游戏中的结社系统则为玩家提供了更多的互动和合作机会，让游戏世界更加丰富多彩。